G4s在癌細胞內(nèi)被大量檢測到，可能與癌癥相關(guān)基因關(guān)系密切，并且推測G4s或許可以用作早期癌癥診斷和治療中新的分子靶標(biāo)。
早在1953年，沃森和弗克里克首次揭開DNA的結(jié)構(gòu)之謎。從那以后，DNA的雙螺旋結(jié)構(gòu)便深入人心。近幾年，一種“四螺旋”的 DNA 結(jié)構(gòu)如雨后春筍般地從科研界中“冒”了出來，這種結(jié)構(gòu)通常被稱為G-四鏈體（G4s）。先前的研究發(fā)現(xiàn)，G4s在癌細胞內(nèi)被大量檢測到，可能與癌癥相關(guān)基因關(guān)系密切，并且推測G4s或許可以用作早期癌癥診斷和治療中新的分子靶標(biāo)。
近日，《Nature Chemistry》發(fā)表了一篇名為“Single-molecule visualisation of DNA 1 G-quadruplex formation in live cells”的文章，報道了一種熒光探針（SiR-PyPDS）能實時追蹤到活細胞核中的G4s的單個結(jié)構(gòu)分子，真正實現(xiàn)了在不干擾G4s動態(tài)折疊的情況下，在人活細胞中對其動態(tài)過程進行檢測。
doi: 10.1038/s41557-020-0506-4
由于細胞中G4s的穩(wěn)態(tài)性可能受到蛋白質(zhì)（例如解旋酶的調(diào)節(jié)），無法通過快速離體技術(shù)來追蹤G4s。此外，一些常用于檢測活細胞中DNA和RNA的探針濃度相對較高，這可能會干擾G4s的動態(tài)折疊過程以及引起細胞應(yīng)激/毒性。針對此，該研究團隊制備了具有G4s特異性的熒光探針，在低濃度的條件下結(jié)合小部分G4s（約4%）便可以實現(xiàn)對G4s實時追蹤。
使用熒光探針SiR-PyPDS對活細胞中的G4進行單分子熒光成像
接下來，研究團隊試圖估算在活細胞中被SiR-PyPDS標(biāo)記的G4s的比例以及做了一系列與其他G4s形成序列的體外結(jié)合實驗。結(jié)果發(fā)現(xiàn)，無論體內(nèi)還是體外，SiR-PyPDS結(jié)合G4s觀察到的駐留時間相當(dāng)，說明SiR-PyPDS可以用于檢測內(nèi)源性的G4s。此外，為了深入了解活細胞中的G4折疊過程，研究團隊使用了DNA甲基化試劑硫酸二甲酯 (DMS) 不可逆地捕獲未折疊的G4狀態(tài)。結(jié)果發(fā)現(xiàn)，隨時間的變化，DMS處理后幾分鐘內(nèi)細胞中SIR-PyPDS與G4s結(jié)合減少。
活細胞中的G4s的動態(tài)折疊和展開過程
該研究團隊認(rèn)為，既然已經(jīng)能夠成像單個G4，那么便能追蹤其在特定基因中的作用以及它們在癌癥中的表達方式。正如英國劍橋化學(xué)與癌癥研究系劍橋?qū)W院的Shankar Balasubramanian教授所說，“某些癌細胞對靶向G4s的小分子比非癌細胞更敏感，可能由于癌癥前期或癌細胞中有著更多的G4s結(jié)構(gòu)?！?br />
從新生事物“G4s”的發(fā)現(xiàn)到可追蹤其在活細胞中的動態(tài)折疊過程，每一步都是一大步，G4s與癌癥相關(guān)基因密切相關(guān)已成事實，但能否利用其獨特的DNA結(jié)構(gòu)作為靶點來治療癌癥呢？小編以為，G4s可能離其迎來曙光已不遠了。
參考文獻
[1] Single-molecule visualisation of DNA 1 G-quadruplex formation in live cells
[2] High-throughput sequencing of DNA G-quadruplex structures in the human genome
[3] DNA G-quadruplexes in the human genome: detection, functions and therapeuticPotential
[4] Quantitative visualization of DNA G-quadruplex structures in human cells
發(fā)表于2021-07-22 18:54:59
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早在1953年，沃森和弗克里克首次揭開DNA的結(jié)構(gòu)之謎。從那以后，DNA的雙螺旋結(jié)構(gòu)便深入人心。近幾年，一種“四螺旋”的 DNA 結(jié)構(gòu)如雨后春筍般地從科研界中“冒”了出來，這種結(jié)構(gòu)通常被稱為G-四鏈體（G4s）。先前的研究發(fā)現(xiàn)，G4s在癌細胞內(nèi)被大量檢測到，可能與癌癥相關(guān)基因關(guān)系密切，并且推測G4s或許可以用作早期癌癥診斷和治療中新的分子靶標(biāo)。
近日，《Nature Chemistry》發(fā)表了一篇名為“Single-molecule visualisation of DNA 1 G-quadruplex formation in live cells”的文章，報道了一種熒光探針（SiR-PyPDS）能實時追蹤到活細胞核中的G4s的單個結(jié)構(gòu)分子，真正實現(xiàn)了在不干擾G4s動態(tài)折疊的情況下，在人活細胞中對其動態(tài)過程進行檢測。
doi: 10.1038/s41557-020-0506-4
由于細胞中G4s的穩(wěn)態(tài)性可能受到蛋白質(zhì)（例如解旋酶的調(diào)節(jié)），無法通過快速離體技術(shù)來追蹤G4s。此外，一些常用于檢測活細胞中DNA和RNA的探針濃度相對較高，這可能會干擾G4s的動態(tài)折疊過程以及引起細胞應(yīng)激/毒性。針對此，該研究團隊制備了具有G4s特異性的熒光探針，在低濃度的條件下結(jié)合小部分G4s（約4%）便可以實現(xiàn)對G4s實時追蹤。
使用熒光探針SiR-PyPDS對活細胞中的G4進行單分子熒光成像
接下來，研究團隊試圖估算在活細胞中被SiR-PyPDS標(biāo)記的G4s的比例以及做了一系列與其他G4s形成序列的體外結(jié)合實驗。結(jié)果發(fā)現(xiàn)，無論體內(nèi)還是體外，SiR-PyPDS結(jié)合G4s觀察到的駐留時間相當(dāng)，說明SiR-PyPDS可以用于檢測內(nèi)源性的G4s。此外，為了深入了解活細胞中的G4折疊過程，研究團隊使用了DNA甲基化試劑硫酸二甲酯 (DMS) 不可逆地捕獲未折疊的G4狀態(tài)。結(jié)果發(fā)現(xiàn)，隨時間的變化，DMS處理后幾分鐘內(nèi)細胞中SIR-PyPDS與G4s結(jié)合減少。
活細胞中的G4s的動態(tài)折疊和展開過程
該研究團隊認(rèn)為，既然已經(jīng)能夠成像單個G4，那么便能追蹤其在特定基因中的作用以及它們在癌癥中的表達方式。正如英國劍橋化學(xué)與癌癥研究系劍橋?qū)W院的Shankar Balasubramanian教授所說，“某些癌細胞對靶向G4s的小分子比非癌細胞更敏感，可能由于癌癥前期或癌細胞中有著更多的G4s結(jié)構(gòu)?！?br /> 從新生事物“G4s”的發(fā)現(xiàn)到可追蹤其在活細胞中的動態(tài)折疊過程，每一步都是一大步，G4s與癌癥相關(guān)基因密切相關(guān)已成事實，但能否利用其獨特的DNA結(jié)構(gòu)作為靶點來治療癌癥呢？小編以為，G4s可能離其迎來曙光已不遠了。
參考文獻
[1] Single-molecule visualisation of DNA 1 G-quadruplex formation in live cells
[2] High-throughput sequencing of DNA G-quadruplex structures in the human genome
[3] DNA G-quadruplexes in the human genome: detection, functions and therapeuticPotential
[4] Quantitative visualization of DNA G-quadruplex structures in human cells